重庆西科水运工程咨询有限公司成立于2000年1月，是重庆交通大学西南水利水运工程科学研究院为适应改革发展和市场经济的需要而注册成立的国有独资科技企业。公司于2022年3月整体划转至重庆交大国科航科技有限公司。2024年6月，根据重庆市委“三攻坚一盘活”的改革部署，划转至重庆发展投资有限公司，并由其委托重庆设计集团有限公司代管至完成增资入股。

公司是西南地区目前规模最大的从事水利水电工程、港口与航道工程、河流泥沙和通航建筑工程的专业科研机构，是市政府授予的专精特新企业、知识产权优势企业、高新技术企业及创新型中小企业。公司拥有院士专家工作站等高端科研平台，下辖广东、成都、浙江、云南、武汉、广西6家分公司；内设河流保护与治理技术研究中心、港口与航道技术研究中心、水工及河流泥沙技术研究中心、智慧水运规划设计研究中心、信息化与健康监测技术研究中心等5个专业研究中心，以及综合办公室、财务部、经营部、质量与科研管理部等4个职能部门。共有在册员工60人，其中事业单位混岗5人；博士研究生学历4人、硕士44人；正高级职称9人、副高级职称16人、中级职称17人；博导1人，硕导4人。

公司拥有水运（港口河海工程）甲级咨询资质、水利水电甲级咨询资质，水运行业（港口工程甲级，航道工程甲级）设计资质，水文水资源调查评价乙级资质，水资源论证乙级资质。公司业务类型主要包括大型枢纽水力学与通航关键技术、内河航道整治关键技术、内河港口设计建设与智能化管养技术、暴雨洪水与城市内涝防灾减灾技术、跨拦临建筑物涉水安全与评估技术、水工建筑物原型模型量测技术与设备研发、桥梁防撞新技术新结构研发等，研究成果广泛应用于各大型工程，为国家经济建设做出重大贡献，多次荣获省部级、市级各类科技奖励。